Le Centre STELA s'est doté d'un conseil consultatif sur lequel siègent des représentants de la production et de la transformation laitières, des organisations satellites et des milieux gouvernementaux . Présidée par le doyen de la Faculté des sciences de l'agriculture et de l'alimentation de l'Université Laval, le Conseil agit à titre consultatif. Son rôle principal est d'orienter le choix des axes de développement stratégique du Centre et, éventuellement, de les valider et de les soutenir dans leur développement.